Um estudo realizado pela DNX em Espanha revela que as PMEs  são importantes barreiras à adopção da facturação electrónica, embora esta tecnologia ofereça muitos benefícios para estas empresas.

Falta de confiança nos sistemas existentes, escassez de informações, complexidade das assinaturas electrónicas e problemas da infra-estrutura são os principais receios apontados pelos empresários, até porque há uma grande variedade de plataformas de facturação electrónica que em muitos casos, são incompatíveis entre si.