As facturas electrónicas só podem ser emitidas através de um programa informático,que esteja preparado para facturação electrónica. O programa de facturação deve estar preparado para emitir as facturas no formato electrónica, de forma a cumprir todas as disposições legais constantes no código do IVA.

Estas facturas devem possuir, sempre, um certificado digital que permite autenticar a veracidade do mesmo e a entidade que emitiu a factura electrónica.

Quando comprar o programa de facturação electrónica deve-se certificar, junto do seu vendedor, se o mesmo cumpre todos os regulamentos e requisitos inscritos na lei fiscal. Deve ter atenção que não basta emitir facturas em formato pdf, ou outro qualquer formato.

O certificado digital, na factura electrónica, é absolutamente obrigatório para que seja considerada válida.